已经临床肯定能致畸的药物有：
1. 抗癌药：如氨基喋呤、6-巯基嘌呤、5-氟脲嘧啶等；
2. 性激素：会使男胎女性化或女胎男性化，或使女婴发育至青春期时易发生宫颈癌和阴道癌。
可能致畸的药物有：
1. 抗癫痫药：扑痫酮、三甲双酮会引起头面畸形、心脏畸形、早产、身体和智力发育迟缓。大仑丁除了引起上述畸形外，还会引起外生殖器异常。抗癫痫药与苯巴比妥合用时致畸作用加强；如与叶酸合用时致畸作用减弱。因此实在必要时，可在妊娠2个月后用药，剂量不大，而且与叶酸同用可减低致畸作用。 苯妥英钠会导致唇裂、腭裂、鞍鼻及指萎缩等畸形。与叶酸同用可减低致畸作用。
2. 丙基乙酸：会导致神经管畸形、致畸作用较肯定，孕期应禁止使用。
3. 镇静药：安定导致唇裂和腭裂。利眠宁会引起死胎、四肢畸形及发育迟缓。氯丙嗪引起视网膜病变和新生儿抑制。妊娠期间如果睡眠欠安也尽量不要用镇静安眠药。
4. 降血糖药：甲磺丁脲（D860）、氯磺丙脲、优降糖，在妊娠期间会导致流产、死胎、多发性畸形如先天性心脏病、兔唇、腭裂、骨畸形及血小板下降。妊娠期可用胰岛素而避免用降糖药物。
5. 抗甲状腺药：丙硫氧嘧啶、他巴唑、甲亢平，会引起先天性甲状腺肿大、甲状腺功能不全、呆小病和死胎。用放射性碘剂也会使胎儿甲状腺功能低下。
6. 抗疟药：奎宁。可使胎儿流产、胚胎耳聋、视力缺陷、肾损伤、脑积水、心脏及四肢畸形。
7. 维生素：服用过量时会致畸，如维生素A每日服用5万单位（相当于浓缩A）丸剂2丸、或浓缩鱼肝油滴剂30滴，连续3个月，会使胎儿骨骼畸形、并趾、腭裂、眼与脑畸形、肾及中枢神经损害。
维生素K用量过大会使新生儿患高胆红素血症甚至核黄疸，而使智力迟钝。但是新生儿缺乏维生素K会发生自然出血，叫新生儿黑便症。所以常在新生儿出生后由医生根据情况给新生儿注射适量以防止发生自然出血。
虽然维生素是人们熟悉的营养品，但是它的用量要十分慎重，应用时间也应注意，以防止对胎儿造成伤害。
潜在致畸或对胎儿有害的药物：
1. 抗生素：
链霉素、卡那霉素及新霉素在妊娠全期都不宜应用，以免使胎儿患先天性聋或内耳前庭损伤而致维持身体平衡发生障碍。
磺胺类药物在妊娠早期会致畸，妊娠后期会使新生儿患溶血型贫血、高胆红素血症和引起核黄疸而惊厥死亡或智力低下。
氯霉素在妊娠期会使肝损伤，血小板减少。新生儿期使婴儿患灰婴综合征。
四环素族包括四环素、土霉素、金霉素、强力霉素在妊娠早期会使胎儿患先天性白内障、手指畸形、脑假性肿瘤及死胎。妊娠4个月后会使骨发育不良，牙齿黄染、溶血型黄疸和急性脂肪肝。 新生霉素在近产期应用易致高胆红素血症、新生儿黄疸加重甚至成为核黄疸。
喹诺酮类如氟派酸、氟嗪酸在妊娠期间应用会使胎儿发生关节病变。
2．糖皮质激素如可的松、强的松、强的松龙等在妊娠早期应用会引起死胎、早产、唇裂和腭裂。
3．阿斯匹林和水杨酸钠在妊娠早期会引起脑及肾畸形、易出血。妊娠晚期会引起肝损伤、黄疸及容易出血。
4．利尿剂如双氢克尿噻、环戊甲噻嗪、氯唑酮在妊娠晚期会引起血小板减少及内出血。